AMAN merupakan aliansi dari berbagai organisasi masyarakat adat yang independen dengan basis keanggotaannya adalah komunitas-komunitas masyarakat adat yang menyetujui dan menjunjung tinggi azas, prinsip, visi dan garis-garis perjuangan sebagaimana yang termuat dalam keputusan-keputusan Kongres Masyarakat Adat Nusantara dan secara terus menerus terlibat aktif memperjuangkan penegakan hak-hak adat dan kedaulatan masyarakat adat secara utuh.

Sesuai dengan strukturnya yang fleksibel dan orientasi gerakan bersama yang dibangun dari kesamaan nasib, visi, dan prinsip-prinsip kerja bersama di antara masyarakat adat maka struktur organisasi AMAN dari tingkat “akar rumput” (kampung) sampai tingkat nasional bisa di uraikan sebagai berikut:

Tingkat basis

Anggota AMAN adalah sekelompok penduduk (komunitas) masyarakat adat yang memiliki wilayah adat yang jelas dengan sistem hukum dan pranata adat yang khas, dan telah menyatakan diri serta diterima secara sah menjadi anggota AMAN. Dalam hal ini keanggotaan AMAN ini bisa terdaftar sebagai satuan komunitas, dan bisa juga melalui lembaga adat yang ada di komunitas tersebut.

Tingkat daerah

Anggota-anggota AMAN ini terwadahi dalam organisasi-organisasi masyarakat adat yang independen di daerah (bisa tingkat Kabupaten kalau dengan pendekatan administratif pemerintahan, atau bisa juga wilayah persekutuan komunitas masyarakat adat tertentu sesuai kesepakatan bersama kalau didasarkan pada kedekatan budaya dan sejarah).

Organisasi-organisasi perjuangan bersama bagi komunitas-komunitas masyarakat adat yang telah menyatakan diri sebagai anggota AMAN di tingkat kabupaten/wilayah persekutuan masyarakat adat tersebut, antara lain adalah:

• Jaringan Kerja Masyarakat Adat (JKMA) Aceh Selatan
• Badan Perjuangan Rakyat Penunggu Indonesia (BPRPI) sebagai wadah perjuangan bagi komunitas-komunitas masyarakat adat di pesisir timur Sumatera Utara
• Aliansi Masyarakat Adat (AMA) Sangir Talaut – Sulawesi Utara
• AMA Tana Toraja – Sulawesi Selatan
• AMA Togean – Sulawesi Tengah
• AMA Banggai – Sulawesi Tengah
• AMA Kamalasi – Sulawesi Tengah
• PEMA Paser – Kalimantan Timur.

Tingkat wilayah propinsi

Wadah perjuangan masyarakat adat dari beberapa daerah di satu wilayah propinsi atau wilayah persekutuan adat yang sepadan sesuai kesepakatan bersama, juga berhak membangun organisasi yang independen. Organisasi di tingkat wilayah seperti ini, antara lain:

• Aliansi Masyarakat Adat (AMA) Kalimantan Barat,
• AMA Sulawesi Tengah (AMASUTA), dan sebagainya.

Setiap organisasi di tingkat wilayah berhak memilih dan memutuskan masing-masing 2 (dua) orang pengurus intinya untuk duduk sebagai anggota Dewan AMAN di tingkat nasional mewakili organisasi masyarakat adat di wilayahnya.

Tingkat regional

Untuk memudahkan pengurusan organisasi dan koordinasi di antara organisasi wilayah propinsi maka secara geografis Indonesia di bagi dalam beberapa region (sampai saat ini AMAN memiliki tujuh region, yaitu:

• Bali dan Nusa Tenggara
• Sumatera
• Jawa
• Kalimantan
• Sulawesi
• Maluku
• Papua.

Setiap region ini bisa menyelenggarakan Pertemuan Regional apabila dibutuhkan. Pertemuan Regional ini merupakan perangkat manajemen AMAN sebagai wadah perhimpunan dan pertemuan antar organisasi-organisasi masyarakat adat tingkat propinsi/wilayah persekutuan yang sepadan untuk melakukan koordinasi dan sinergi gerakan masyarakat adat. Setiap region dikoordinasikan seorang Koordinator Region yang dipilih dalam Rapat Dewan AMAN.

Koordinator Region yang terpilih otomatis menjadi Koordinator Dewan AMAN (7 orang) di tingkat nasional. 5. Di tingkat nasional: Aliansi Masyarakat Adat Nusantara (AMAN) yang dikelola secara kolektif oleh Dewan Aliansi untuk melaksanakan keputusan-keputusan Kongres Masyarakat Adat Nusantara sebagai penentu kebijakan tertinggi organisasi.

Untuk penyelenggaraan organisasi sehari-hari maka Dewan Aliansi memilih dan menetapkan seorang Sekretaris Jenderal (Sekjen) AMAN yang bertugas mengelola Sekretariat Nasional AMAN yang berkedudukan di ibukota Negara Republik Indonesia.

Tingkat Nasional

Pengurus Besar AMAN

Sekretaris Jenderal

Abdon Nababan

Wakil Sekretaris Jenderal

Mahir Takaka

Direktorat AMAN

1. Direktorat Urusan Rumah Tangga/Management : Rainy Situmorang
2. Direktorat Urusan Informasi dan Komunikasi : Jopi
3. Direktorat Advokasi : Mina Susana Setra
4. Direktorat Ekonomi, Sosial dan Budaya : Mahir Takaka
5. Direktorat Organisasi dan Pengkaderan : Arifin “Monang” Saleh

Dewan AMAN

Ketua: Dewa Nyoman Suardana (Bali-Nusa Tenggara), merangkap anggota (Bali) Wakil Ketua

• Alex Sanggenafa (Papua), merangkap anggota (Papua)
• Ariana (Kalimantan), merangkap anggota (Kalimantan Barat)
• Eliza Kissya (Maluku), merangkap anggota (Maluku)
• Harun “Alung” Noeh (Sumatera), merangkap anggota (Sumatera Utara)
• Isjaya Kaladen (Sulawesi), merangkap anggota (Sulawesi Selatan)
• Jajang Kurniawan (Jawa), merangkap anggota (Jawa)

Anggota:

• Aluh Nursehan (Nusa Tenggara Barat)
• Amir Syafiudin (Sulawesi Tenggara)
• Datuk Sulaiman Hasan (Jambi)
• Den Upa Rombelayuk (Sulawesi Selatan)
• Desi Ambarawati (Bengkulu) 6. Djelani (Kalimantan Barat)
• Felix Mitakda (Maluku)
• Haitami (Bengkulu)
• Hasby Salambe (Maluku Utara)
• Hemy Koapaha (Sulawesi Utara)
• Herlin Hokoyoku (Papua)
• H. Bustamir Datuk Banda (Riau)
• H. Zainal A. Lantong (Sulawesi Utara)
• Illahiya Nur (Sumatera Selatan)
• Jesaya Banari (Maluku Utara)
• Ketut Kartini (Bali)
• Kusmiranti (Kalimantan Selatan)
• L. Maskur (Nusa Tenggara Barat)
• Moses (Kalimantan Tengah)
• Muhammad Nur Ja’far (Sumatera Selatan)
• Nursewan (Kalimantan Selatan)
• Nyai Zuhriah (Jambi)
• Philipus Kami (Nusa Tenggara Timur)
• Pius Nyompe (Kalimantan Timur)
• Rusnigani (Kalimantan Tengah)
• Syahrul M. (Kalimantan Timur)
• Taminullah, SE (Sumatera Utara)
• Tumin Batin Perigi (Riau)
• Wa Ode Murni Ado (Sulawesi Tenggara)
• Yohana (Nusa Tenggara Timur)